کاربرد روشهای مکانیک کوانتومی نیمه تجربی در تخمین برهمکنشهای مولکولهای زیستی

نوع مقاله : مروری

نویسندگان

1 دانشگاه تهران - مرکز تحقیقات بیوشیمی بیوفیزیک

2 پژوهشگاه شیمی و مهندسی شیمی ایران

چکیده

برغم پیشرفت های چشمگیر در ابزارآلات آزمایشگاهی و روش های محاسباتی برای اندازه گیری برهمکنش های کوچک مولکول ها با پروتئین ها و درشت مولکول های زیستی، تخمین انرژی آزاد اتصال کمپلکس ها و آرایش هندسی آنها ، همچنان جزء مسائل پرچالش باقی مانده است. بطور کلی برهمکنش های غیرکووالانسی نقش کلیدی در زیست شیمی دارند. توصیف نظری و محاسباتی برهمکنش های غیرکووالانسی بخاطر اثرات کوانتومی دخیل در این برهمکنش ها کار آسانی نیست. توصیف درست این برهمکنش ها نیازمند درنظر گرفتن سهم های کوانتومی در انرژی های برهمکنش و بکارگیری یک مجموعه پایه اربیتال اتمی گسترده است. در دهه های 1970 و 1980 روش های مکانیک کوانتومی نیمه تجربی، یکی از روش مناسب و کارآمد در مطالعه خواص حالت پایه ترکیبات شیمیایی بوده است. از دهه 1990 به بعد، این روش ها بطور گسترده ای توسعه یافته و با تعریف توابع و پارامترهای جدید، دقت و صحت شان در مقایسه با روش های دقیقتر "از آغاز" و "نظریه تابعیت چگالی" که حداقل به اندازه سه مرتبه بزرگی هزینه برتر هستند، بهبود یافته است.
امروزه استفاده از ‏روشهای سریع و کارآمد مکانیک کوانتومی نیمه تجربی برای محاسبه خواص الکترونی مولکول های بزرگ و سامانه های زیستی، بسیار متداول و ضرورتی انکار ناپذیر شده است. در سال های اخیر، رنسانسی در روش های مکانیک کوانتومی نیمه تجربی اتفاق افتاده است و آنرا متحول کرده است. این مقاله مروری به سیر تکاملی روش های مکانیک کوانتومی نیمه تجربی، برخی از کاربردها و موفقیت های این روش در بکارگیری در سامانه های مختلف، بویژه در برهمکنش مولکول های زیستی و همچین ارزیابی جایگاه این روش در بین انواع دیگر روش های محاسباتی نظیر مکانیک مولکولی، نظریه تابع موج و رهیافت های نظریه تابعیت چگالی می پردازد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات